心脏瓣膜病人群常并发房颤，但目前并无确切证据证明合并自体瓣膜病变示房颤患者抗凝治疗的指征。
根据指南，房颤合并自体主动脉伴病变、二尖瓣反流者、三尖瓣病变者，CHA2DS2-VASc≥2分时，需给予口服抗凝药治疗。人工生物瓣膜植入术后或二尖瓣修补术后合并房颤，因血栓栓塞风险高，无论评分多少，均应应用抗凝药。风湿性二尖瓣狭窄合并房颤患者仍推荐长期口服华法林抗凝。
另外，对于二尖瓣狭窄但为窦律的患者，若既往有栓塞或左房血栓，也推荐长期口服抗凝药物，经食道超声检查提示存在左房自发显影或者左房增大（左房内径＞50mm或者容积大于60ml/m2），也可考虑口服抗凝药物。